《企業所得稅法》第五十條規定：“居民企業在中國境內設立不具有法人資格的營業機構的，應當匯總計算并繳納企業所得稅。”我國從2008年起開始實 行法人所得稅制度，強調法人企業或組織為企業所得稅的納稅人，而非獨立核算的分支機構將自動匯總到公司總部繳納企業所得稅，企業在設立分支機構時，因此需 要謹慎選擇。

分公司與子公司的權衡
《公司法》第十四條規定：“子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任；分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。”企業設立分支機構，使其不具有法 人資格，且不實行獨立核算，則可由總公司匯總繳納企業所得稅。這樣可以實現總公司調節盈虧，合理減輕企業所得稅的負擔。當然，在設置分支機構時有三個因素 應當綜合考慮：
首先是分支機構的盈虧情況，當總公司盈利，新設置的分支機構可能出現虧損時，應當選擇總分公司模式。根據稅法規定，分公司是非獨立納稅人，其虧損可以由總 公司的利潤彌補；如果設立子公司，子公司是獨立納稅人，其虧損只能由以后年度實現的利潤彌補，且總公司不能彌補子公司的虧損，也不得沖減對子公司投資的投 資成本。
當總機構虧損，新設置的分支機構可能盈利時，應當選擇母子公司模式；子公司不需要承擔母公司的虧損，可以自我積累資金求得發展，總公司可以把其效益好的資產轉移給子公司，把不良資產處理掉。
其次是享受稅收優惠的情況，按照稅法規定，當總機構享受稅收優惠而分支機構不享受優惠時，可以選擇總分公司模式，使分支機構也享受稅收優惠待遇。如果分公 司所在地有稅收優惠政策，則當分公司開始盈利后，可以變更注冊分公司為子公司，享受當地的稅收優惠政策，這樣會收到較好的納稅效果。
再次是分支機構的利潤分配形式及風險責任問題，分支機構由于不具有獨立法人資格，所以不利于進行獨立的利潤分配。同時，分支機構如果有風險及相關法律責任，可能會牽連到總公司，而子公司則沒有這種擔憂。

分公司與子公司的選擇
根據《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發［2008］28號）規定：企業實行“統一計算、分級管 理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的企業所得稅征收管理辦法。即企業總機構統一計算包括企業所屬各個不具有法人資格的營業機構、場所在內的全部應納稅所 得額、應納稅額。但總機構、分支機構所在地的主管稅務機關都有對當地機構進行企業所得稅管理的責任，總機構和分支機構應分別接受機構所在地主管稅務機關的 管理。在每個納稅期間，總機構、分支機構應分月或分季分別向所在地主管稅務機關申報預繳企業所得稅。等年度終了后，總機構負責進行企業所得稅的年度匯算清 繳，統一計算企業的年度應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業所得稅款后，多退少補稅款。這樣，就為分支機構合理節稅提供了政策依 據和保障。
當企業設立分支機構時，由于設立初期分支機構面臨高昂的成本支出，所以虧損的概率較高，通常采用分公司的形式較為合適，可以享受和總部收益盈虧互抵的好 處。經過兩三年的經營期間，分公司開始轉虧為盈時，再把分公司變更注冊為子公司，這樣可以降低分支機構對總機構的法律影響。

八類分支機構不需要就地預繳所得稅
根據財政部、國家稅務總局、中國人民銀行關于印發《跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理暫行辦法》的通知（財預［2008］10號）等相關文件規定， 以下八類分支機構不需要就地預繳企業所得稅，這為總部和分公司匯總納稅提供了更為優越的條件，可以更好地享受總分機構匯總納稅政策，避免了因分公司就地預 繳企業所得稅而造成貨幣時間價值的損失，這八類企業是：
1.垂直管理的中央類企業，其分支機構不需要就地預繳企業所得稅。如中國銀行股份有限公司、國家開發銀行、中央匯金投資有限責任公司、中國石油天然氣股份有限公司等繳納所得稅未納入中央和地方分享范圍的企業。
2.三級及以下分支機構不就地預繳企業所得稅，其經營收入、職工工資和資產總額統一計入二級分支機構。
3.分支機構不具有獨立生產經營的職能部門時，該不具有獨立生產經營的職能部門不就地預繳企業所得稅。如果分支機構具有獨立生產經營的職能部門，但其經營 收入、職工工資和資產總額與管理職能部門不能分開核算的，則該獨立生產經營部門也不得視同一個分支機構，其企業所得稅允許和總部匯總繳納，而不需要就地預 繳企業所得稅。
4.不具有主體生產經營職能，且在當地不繳納增值稅、營業稅的產品售后服務、內部研發、倉儲等企業內部輔助性的二級及以下分支機構，不就地預繳企業所得稅。
5.上年度認定為小型微利企業的，其分支機構不就地預繳企業所得稅。
6.新設立的分支機構，設立當年不就地預繳企業所得稅。
7.撤銷的分支機構，撤銷當年剩余期限內應分攤的企業所得稅款由總機構繳入中央國庫。
8.企業在中國境外設立的不具有法人資格的營業機構，不就地預繳企業所得稅。