電子賬冊采用滾動核銷的方式進行核銷；核銷的同時可正常進出口通關，電子賬冊核銷不是清零式的核銷，允許企業料件有余量，核銷后剩余料件可自動轉入 下期繼續使用出口。核銷周期一般不超過180天，從電子賬冊備案之日或上次核銷次日起計算；進出口規模較大的企業應結合盤庫時間，適當縮減核銷周期，以便 于同主管海關一起做好核銷工作。核銷分兩個步驟：預報核和正式報核。預報核經海關審核通過后，才能正式報核。

1、預報核
(1)預報核要求企業申報本次核銷期內進出口涉及的所有報關單信息。需填報報核表頭和報關單的相關信息。報關單號填寫18位編號：“申報地海關編號+年份 +進出口標志(1為進口，0為出口)+9位報關單預錄入號”。
注意：報關單范圍必須準確填報。
(2)企業向海關預報核，須提供以下數據資料：
將電子賬冊本核銷周期內的全部進出口報關單按貿易方式以時間先后順序裝訂成冊，并制作進出口報關單目錄，送海關核銷部門；
企業將本核銷周期內的全部報關單等預報核數據通過網絡向海關發送，并通知海關核銷部門。
(3)收到兩條“入庫成功”回執后，與海關聯系。

2、正式報核
(1)正式報核要求企業在預報核經海關審核后，根據確定的報關單范圍核算保稅料件的使用情況，申報電子賬冊上每一項科件的應有數量、實際剩余數量和消耗數量。
(2)企業向海關正式報核，須提供以下數據資料：
企業以預報核環節海關核準的報關單為基礎，按歸并后的料件向海關申報從企業計算機管理系統提取的本期應存、實存及耗用數量；必要時，可要求企業申報核算料件數據，即企業在各種貿易方式下的進出數量。
如需結合企業盤點數據審核正式報核的，企業應將確認后的盤點數據報送海關核銷部門。
(3)預報核海關審核通過后，通過數據查詢功能查詢出預報核通過的數據，將報核類型改為“正式報核”，填報“報核料件”的相關內容，報核成品、核算成品不需填報，核算料件一般也不需填報，只在主管海關要求時填報。
(4)正式報核“報核料件”填報方法：
在本核銷期內發生進口或出口耗用的料件均需報送料件使用情況，“應剩余數量”、“消耗總數量”、“實際剩余數量”必須填報，“邊角科數量”根據實際情況填報，沒有可填“0”。
應剩余數量：企業根據預報核確定的報關單和電子賬冊備案的單損耗關系核算該項科件的剩余數量，即：應剩余數量=上期結余數量+本期實際進口數量 - 本期消耗總數量。
單耗包括凈耗和工藝損耗；單耗=凈耗／1 - 損耗率，消耗總數量：該項料件加工已出口和已內銷的實際消耗數量(已報關，且進口已放行、出口已結關)，即：消耗總數量=出口耗用數量+內銷數量。
實際剩余數量：報核截止日期當天實際庫存盤點所得的數量(包括半成品、成品折回料件的數量)，即：實際剩余數量=庫存料件數量+庫存半成品成品折料數量。
(5)收到兩條”入庫成功”回執后．與海關聯系。

3、當企業不再從事加工貿易業務時，企業在辦結電子賬冊的核銷，內銷補稅等業務，電子賬冊備案料件余料清零后，可向主管海關申請注銷電子賬冊。

其他注意事項：
1. 成品版本號：報關模式分為代理報關和自理報關兩種，代理部分的出口報關單需做好成品版本號的記錄。
2. 聯網企業用于加工貿易的不作價設備仍采用加工貿易設備手冊(D手冊)管理。
3. 聯網企業海關管理類別調整為B類或C類后，可以在繳納保證金(或保函)后，繼續運行聯網監管。
4. 電子賬冊備案前，應先備案歸并關系；電子賬冊變更前應先變更歸并關系，始終保持歸并關系中歸并后數據與電子賬冊備案數據一致；拷貝歸并后數據到電子賬冊功能才能正常使用。
5. 海關通過“企業內部編號”+“經營單位代碼”確定單證的唯一性。需要企業內部編號的單證有：經營范圍、歸并關系、電子賬冊、電子賬冊分冊、報關清單、中期 核查數據和數據報核，其中歸并關系、電子賬冊。中期核查數據和數據報核的”企業內部編號”一致，其他內部編號都不能重復使用。